[拼音]：jisuo dongwu men
[外文]：Chordata
动物界最高等的1门。现在已知的脊索动物约有7万多种，现生的种类有4万多种。
特征
脊索动物均具三点重要特征。
（1）脊索：身体背部起支持作用的一条纵走棒状物，位于消化道的背面、神经管的腹面。在胚胎发育过程中，由原肠背侧的一部分细胞离开肠管而形成；它是由许多内部富有液泡的细胞构成，外面围有一层或两层结缔组织鞘，称为脊索鞘。整条脊索既有弹性，又很结实，能起着支撑身体的作用。低等脊索动物终身有脊索，有的类群脊索仅见于幼体，高等类群只在胚胎期间出现脊索，成长后即由分节的脊柱取代。
（2）背神经管：神经系统的中枢部分，呈管状，位于身体的背中线上，脊索的背面。背神经管由胚胎背部的外胚层凹陷形成，管内充满脑脊髓液。高等类群的背神经管分化为脑和脊髓两部分。
（3）咽鳃裂：消化管前端咽部两侧左右成对排列的数目不等的裂孔。咽鳃裂直接或间接与外界相通，其间的咽壁上着生充满血管的鳃。在低等类群中终身存在，高等类群仅出现于胚胎期或幼体期（如蝌蚪），成体期完全消失（见图）。
脊索动物还有一些次要特征。例如:心脏如存在，总是位于消化道的腹面；循环系统为密闭式（尾索动物例外）；大多数脊索动物血液具红细胞；其中的血红蛋白是高效能氧的运载者；内骨骼；尾部如存在，总是在肛门的后方，构成特有的肛后尾。
脊索动物还有一些性状与高等的非脊索动物相同，如后口、三胚层、次级体腔、两侧对称和分节现象等，说明脊索动物是由非脊索动物进化而来。
起源和进化
现存低级脊索动物，如海鞘、文昌鱼等，由于还未具坚硬的骨骼，至今还未发现它们的化石祖先。因此关于脊索动物的起源，还只能用比较解剖学的和胚胎学的证据推测。脊索动物的假想祖先，可能是一种蠕虫状的后口动物，具有脊索动物的三大主要特征，出现于古生代的早期，距今有 5亿年左右。称为原始无头类。原始无头类继续发展进化，成为原始有头类，即脊椎动物的祖先。一部分特化为旁支，演变成现在的尾索动物和头索动物。原始有头类以后向两方面发展，一支成为无颌类，一支成为鱼类。无颌类中的甲胄鱼便是最早的脊椎动物。现在的圆口纲动物是无颌类仅存的代表。
鱼类开始出现是在距今约 4亿年的古生代的中期。最早的鱼类，即是最早的颌口类，叫棘鱼，以后分化发展为各种鱼类，其中，古代的总鳍鱼类是陆生脊椎动物的祖先。由总鳍鱼类演变为四足登陆的两栖类；这是脊椎动物从水中到陆地的进化，是脊椎动物发展史中的一个重要阶段。两栖类的繁盛时代是在距今约 3.5亿年的古生代的后期。
古代两栖类中的坚头类已被证明是爬行类的祖先。爬行类中的一群假鳄类在距今约 1.8亿年的中生代中期，演变为鸟类；另一群，名兽形类，在中生代早期，距今约3.3亿年，即已演变为哺乳类。
分类大纲
脊索动物门下分 3个亚门，12纲（其中1纲已绝灭）。
尾索动物亚门(Urochordata)
包括玻璃海鞘(Asci-dia)、柄海鞘(Styela)等约2000多种单体或群体生活的海生动物。有3纲：尾海鞘纲(Appendiculariae)、海鞘纲(Ascidiacea)和海樽纲(Thaliacea)。
头索动物亚门 (Cephalochordata)
包括30种海栖鱼形小动物，种类虽不多，但在动物学上却占有重要地位。仅有1纲──头索纲(Cephalochordata)。代表动物为文昌鱼。
以上两个亚门属低等脊索动物，又总称为原索动物(protochordata)。
脊椎动物亚门
脊索动物门中数量最多、结构最复杂，进化地位最高的一个亚门，现存种类有 4.1万余种，占据着极其多样的生活空间。中国有近5000种。
本亚门共有8纲，其中盾皮鱼纲 (Placodermi)已全部绝灭，现存7纲是：
圆口纲 (Cyclostomata)
软骨鱼纲(Chondrichthyes)
硬骨鱼纲(Osteichthyes)
以上 3纲统称为鱼类(Pisces)，它们是终生生活于水中的动物（海洋和淡水），用鳃呼吸，成对附肢为鳍（胸鳍和腹鳍）。现知全世界有2万多种，中国有2800余种。
两栖纲(Amphibia)
包括大鲵、蝾螈等有尾两栖类和青蛙、蟾蜍等无尾两栖类共 2500多种，中国有190种左右。
爬行纲(Reptilia)
胚胎发育中已发现羊膜，与鸟纲和哺乳纲同为羊膜动物(Amniota)，包括蜥蜴、蛇、龟等约6300种，中国有300多种。
鸟纲(Aves)
世界有8900种左右，如鸡、鸭、鸽等已为人类驯养，中国约有1180种。
哺乳纲(Mammalia)
脊椎动物中躯体结构、功能和行为最复杂的一个高等类群。现知有4200余种，分布几遍全球，广泛适应辐射于陆栖(如虎、马等)、穴居（鼠类）、飞翔（蝙蝠）和水栖（鲸）等多种生活方式；中国约有410余种。