杨帆认为，非主流经济学的基本特征，就是反对新自由主义话语霸权。他在2003年《科学决策》杂志上对新自由主义有如下概括：第一，新自由主义是以新古典经济学与制度学派为基本内容的经济学体系，有一定科学性；第二，新自由主义本质上有利于强势集团，成为发达国家的竞争武器；第三，新自由主义是西方大国追求霸权的意识形态。
卢周来认为（2002），非主流经济学与主流经济学在特征上的基本区别有两个：首先是立场上有差异。主流经济学家是以增量改革带动存量改革的渐进式彻底市场化改革的设计者与操作过程的参与者，也是增量改革的获益者，使得他们的立场站在参与增量改革者与受益者的新兴资本集团（企业家）、权力集团（政府官员）以及知识集团（学者）一边；而受到强势集团的支持同时又作为社会的强势集团本身的一部分，他们也理所当然地拥有绝对的话语上的霸权地位，而使他们成为今日经济学界的主流；而非主流经济学家，由于他们较有人文关怀，一开始就将眼光放在附着在存量上的利益集团如普通工人、农民，因而他们未从增量的改革中受益；相对于前一部分经济学家从强势集团那里受益，“惺惺相惜”的心态更是将这部分经济学家的立场推向了附着在存量上的中国当下的弱势群体一边。同时，由于受到成为改革既得利益者的保守了的强势集团的排斥，受到主流经济学家的排斥，他们只能处于边缘与非主流的位置。其次是学术规范上的差异。主流经济学家绝大多数出生了大学体制内，他们中许多人还直接在西方留过学，在现代经济学素养方面整体上较强，他们的研究因而也更雅致，更符合经济学一般规范。因而他们的这种学院派研究成果很容易被他们本身以致于国外同行认可，而且他们更注重理论体系的构建，在重视理论层面的研究同时注重对策研究，这进一步巩固了其主流的位置；而边缘与非主流经济学家，他们中也有许多人在现代经济学素养方面丝毫不逊于前者，但整体上却弱于前者。相对而言，非主流经济学家在主流占据统治的世界中，因其想首先打破主流的话语霸权，因而批判性文字多，指谬性文字多，而建构性文字相对较弱；对策层面的文字多，理论层面文字少，他们更类似于西方以社会思想与文化批判为己任的知识分子，因而经济研究中讲究规范从整体上也不如前者，这也决定了他们在经济学界的非主流地位与边缘地位。
左大培认为，非主流经济学家区别于主流经济学家有以下三点。
其一，“强调经济体制和经济政策中的公平和平等导向，反对主流经济学只讲效率、不讲公平的倾向”。“中国的主流经济学在经济学界制造了一种只讲效率、不讲公平的思想氛围。在这种思想氛围下，讲公平成了罪过，平等问题成了理论上的禁区。仗着这种思想上的专制，主流经济学者们散布了一种牺牲多数人而让少数人致富的经济政策主张。大多数非主流经济学者正是在这一点上与主流经济学形成了尖锐的对立”。
其二，“强调外国企业、特别是国际垄断资本与中国人民有着长远利益上的重大冲突，要求以国家政策的手段与外国企业损害中国长远利益的作法相斗争”。“在这方面，他们与主流经济学的分歧集中在两点上：他们反对主流经济学的自由贸易政策主张，而要求坚决地保护本国的幼稚产业，特别是技术密集度比较高的产业；他们强调外国企业特别是跨国公司的直接投资可能带来重大的危害，因而坚决反对放手让外国企业夺取中国的投资机会的政策。”
其三，“大都重视经济生活中的各种结构因素，特别是强调产业结构调整的重要性”。“在他们看来，经济的增长主要来源于技术进步，这意味着必须通过不断的产业升级来实现经济发展，意味着落后国家必须使自己的支柱产业不断向技术密集程度更高的方向转移。尽快完成这样的产业升级，是高速发展经济的关键”。而主流经济学却主张“现在还没有比较优势的就不要生产，赔钱的产品不要生产，当前还没有竞争力的产业就不要发展”。在大多数非主流的经济学者看来，发展中国家实行这样的经济政策无异于扼杀自己发展经济的未来。
此外，在一系列小的观点上，非主流经济学与主流经济学家也有着直接的交锋。比如：经济学家讲不讲“道德”?能否靠腐败建立一套新体制?改革是否必须以牺牲一代人作为代价?政府是不是管得越少越好?要搞市场经济是不是只有实现私有化一条路可走?是否必须依靠国外的力量推动国内改革?是不是应该对“资本原罪”进行一揽子赦免?等等。
对于非主流经济学（家）的基本特征以及倾向性观点，杨帆曾进行过更简洁的总结：在经济上，对内主张民生主义与民主主义，对外主张维护国家利益；在经济学界，反对“话语霸权”，尤其是反对奉新自由主义理论为圭臬的新僵化趋势，反对新自由主义把中国引向拉丁美洲化道路。
