个人主义方法论与整体主义方法论的区别如下：
(1)是以个人作为分析的单元还是以集体、集团、社会、群体等整体作为分析的单元；
(2)超越个人利益的，或位于个人利益之上的整体利益是否存在；
(3)对个人行为的理解最好是通过观察个人行动本身还是考察其所处于其中的集体行动。
通俗的讲，整体主义方法论在宏观层面上对社会现象进行总体把握，有利于既见树木又见森林，而个人主义方法论则从微观层面人手，就个人及其行为进行全面细致的分析，因此在研究的过程中，两种方法应当是相互结合、相辅相成的关系。
从表面上看个人主义方法论和整体主义方法论是一对哲学味道比较浓厚的研究方法，因此在一定程度上缺乏具体可操作性，其应用范围略显局限。然而在个别的学术研究领域，特别是涉及到理论基础的分析部分，运用个人主义和整体主义的方法论分析工具有利于一针见血的找到问题的症结，从一个较高的层面和视角分析解决问题，因此，对个人主义方法论和整体主义方法论进行内容介绍有其重要意义。
