呼和浩特有着悠久的历史和光辉灿烂的文化，是华夏文明的发祥地之一，是胡服骑射的发祥地，是昭君出塞的目的地，是鲜卑拓跋的龙兴地，是旅蒙商家互市之地，是游牧文明和农耕文明交汇、碰撞、融合的前沿。
公元前306年，赵武灵王在阴山下筑长城，并设云中郡，郡治故址在今呼和浩特市西南托克托县境。
西汉汉武帝时，在河套地区兴建了一批军市，今呼和浩特市新城区的塔利村（旧称“塔布陀罗亥”，蒙古语译音）就留有西汉时期的土城遗址。
魏晋南北朝时期，鲜卑族拓跋部在北方兴起（其早期都城“盛乐”即在今呼和浩特南面40千米的和林格尔县上土城村北，盛乐经济园区西）。
唐代呼和浩特一带是突厥人的活动范围。唐太宗贞观年间，唐军大败突厥于白道（今名蜈蚣坝，在呼和浩特市北）。
708年（唐中宗景龙二年），唐王朝在今呼和浩特周围地区设立了东、中、西3个“受降城”。公元10世纪初，辽国在此设天德军及丰州。丰州故址在今呼和浩特东南约20千米的白塔村附近。
1572年（明隆庆六年），蒙古土默特部领主阿勒坦汗（即俺答汗）来丰州一带驻牧，不久统一了蒙古各地和漠南地区。
1581年（明万历九年），阿勒坦汗和他的妻子三娘子在这里正式筑城，城墙用青砖砌成，远望一片青色，“青城”之名由此而来。蒙古语为库库和屯。明王朝赐名为“归化”。长城沿线的人们为纪念三娘子，将此城称作“三娘子城”。
清初，三娘子城焚毁。
1694年（康熙三十三年），在原三娘子城外增筑了一道外城，包围了原城东、南、西三面。后又在距旧城东北2.5千米处另建一驻防城即新城，命名为“绥远城”。新城（绥远城）城内主要是军营；旧城（归化城）内则聚居着居民。清朝末年，将归化和绥远合并，称归绥。
1928年，绥远建省，以归绥县城区设立归绥市，作为省会。抗日战争时期，日本侵略者将归绥市改为“厚和特别市”。日寇投降后，复称归绥市。
1949年9月19日，时任国民党绥远省政府主席的国民党将领董其武，接受中国共产党和平解决绥远问题的主张，率部起义，绥远省及省会归绥获得和平解放。
1950年1月20日，成立归绥市人民政府。
1954年3月5日，内蒙古人民政府、绥远省人民政府委员会、绥远军政委员会、绥远省各界人民代表会议协商委员会在归绥市联合召开扩大会议，绥远省建制和省人民政府同时撤销，原绥远省辖区并入内蒙古自治区，由内蒙古自治区人民政府领导。同时，从1954年4月25日起，将归绥市改名为呼和浩特市，为内蒙古自治区的首府。
1960年原属乌兰察布盟的土默特旗（驻察素齐）划归呼和浩特市领导。
1963年将土默特旗划归乌兰察布盟。
1970年乌兰察布盟所属土默特左旗（驻察素齐）、托克托县划归呼和浩特市。
1995年11月21日，国务院批准将乌兰察布盟的和林格尔县、清水河县划归呼和浩特市管辖。
1996年5月18日，国务院批准将乌兰察布盟的武川县划归呼和浩特市管辖。
2000年5月14日，国务院批准调整呼和浩特市市辖区行政区划，郊区更名为赛罕区。
