（原林芝县）古称工布，历史非常古老，可以追溯到西藏的史前时期。20世纪70年代，尼洋河边发现了一批新石器时代的人类遗骨和墓葬群，考古表明早在四五千年之前，林芝地区已有人类从事刀耕火种的农业，过着相对定居的生活。
中华人民共和国成立前，巴宜区曾设则拉宗、基巧宗，隶属西藏地方嘎厦政府。
1959年9月，则拉宗、德林宗和贡穆宗3宗合并成立林芝县，驻地尼池村，直属林芝专署。
1960年，设八一区。
1964年林芝专署撤销，林芝县划归拉萨市管辖。
1986年林芝行署成立，林芝县又划归林芝行署管辖至今。
1987年，八一区改为八一镇。
1997年，林芝县辖1镇6乡，县政府驻达则乡。
2000年，林芝县辖3个镇、4个乡，根据当年第五次全国人口普查数据，全县总人口38960人。
2005年10月9日，经国家民政部批准，林芝县人民政府驻地由林芝镇（达则乡更名改建）迁至八一镇。
2015年3月16日，国务院批复同意撤销林芝地区和林芝县，设立地级林芝市和林芝市巴宜区，巴宜区人民政府驻双拥路街道尼池路4号。
6月5日，巴宜区正式成立。
