鱼类生活于水中，养鱼必先养水，养水要先养底泥。鱼类粪便、残饵以及动植物尸体等沉积于水底，日积月累形成底泥。其中所含的有机质在微生物的作用下，分解成各种溶于水的无机盐、不溶于水的矿物质及氨氮、亚硝酸盐、硫化氢、甲烷、沼气等，一部分是可以为水体中的浮游植物所利用，一部分对水产动物有害。采取如下措施，可以增加水体中有益物质、降低有害物质的含量，有利于水生生物生长。
1 定期清塘消毒
保持池底淤泥厚度15~20 cm。每年冬季卖鱼后要干塘清淤消毒，清除池底过多的淤泥，并用生石灰消毒，干塘晒底，促进池底有机物的矿化分解，同时杀灭淤泥中的各种细菌、寄生虫卵等病原体，减少鱼病发生机会。
2 施肥培藻
早春季节，适当使用经过发酵的有机肥，培养有益藻类。春夏之季，适当补充无机氮肥和磷肥，为浮游植物生长补充N、P元素。秋季之后，由于大量投饲，氮元素基本不缺乏，只需补充磷肥，每半月使用1次钙镁磷肥或过磷酸钙。促进浮游植物的正常生长繁殖，不仅可以为鲢鳙鱼类提供天然饵料，而且可以确保水中氧气充足。
3 合理放养鱼类
可以适当放养鲢、鳙等滤食性鱼类，摄食水体中的浮游生物，净化水质，防止浮游植物过量繁殖形成水华；底层适当放养鲤、鲫等底层鱼类，可以摄食沉入水底的残饵，同时，鲤、鲫在池底觅食时，可以翻动池底淤泥，促进池底有机物的分解，减少亚硝酸盐、硫化氢等有害物质的形成。
4 经常增氧
保证水体溶氧充足，主要增氧措施有换注新水、开增氧机及使用化学增氧剂。当水体过肥、透明度低于20 cm 时，可直接将底层有害物质含量高的水排放掉，注入含氧量高的新鲜水。当水源或水质不好时，可定期开启增氧机，增氧机不仅能增氧，而且能搅动上下水体，促进水体上下交换，同时兼有曝气作用，能将池底的有害气体（如硫化氢、氨气、甲烷、沼气等）排出水体。一般要求在晴天的中午，每天开机1~2 h；阴天或天气闷热时，凌晨就要开启增氧机；鱼类缺氧浮头时，要一直开启增氧机，直到鱼类浮头解除。当缺水缺电时，可以使用化学增氧剂，如过氧化钙、过氧化钠、双氧水等临时增氧措施。一方面可以直接增加水体氧气，另一方面，可以降解有机物，降低化学需氧量（COD），消除硫化氢、亚硝酸盐、氨气等有害物质，改善底层生态环境。
5 合理使用水质改良剂
水质改良剂有生石灰、明矾、硫代硫酸钠、果酸、沸石粉、活性炭、陶土、煤渣等。生石灰不仅有杀菌、调节酸碱度的作用，而且可以补钙、置换淤泥中的微量元素，间接起到施肥的作用。硫代硫酸钠、果酸等有解毒作用。沸石粉、活性炭、陶土、煤渣等能吸附池底的氨氮、亚硝酸盐、硫化氢等，降低水体中有毒有害物质的含量，缓解水质恶化对鱼类的危害。
6 定期在水体中使用微生态制剂
如小球藻、光合细菌、乳酸菌、枯草芽孢杆菌、粪链球菌等，这些有益微生物一方面可以消化降解氨氮、亚硝酸盐、硫化氢等有害物质，变废为宝，为鱼类提供饵料生物；另一方面，有益微生物的生长繁殖成为水体中的优势种后，能抑制有害菌的生长，减少鱼病的发生，减少使用杀虫及消毒剂对水体生态环境的破坏。
