北宋开宝四年（971）因避赵匡胤祖父赵敬之讳，改敬州为梅州，因梅江为名，仍领程乡县。南宋绍兴六年（1136），废梅州，仅置程乡县，隶属潮州。绍兴十四年复置梅州，仍仅领程乡县。
明洪武二年（1369）废梅州，程乡县隶属潮州府。清雍正十一年（1733）程乡县升格为直隶嘉应州，领兴宁、长乐（今五华）、平远、镇平（今蕉岭）及程乡本属，称“嘉应五属”。清嘉庆十二年（1807）复设程乡县。清嘉庆十七年（1812）撤销程乡县，境地为嘉应州管辖。清宣统三年（1911）嘉应又复名梅州。
民国元年（1912）废除州府制，梅州改称梅县。
1927年5月13日至5月19日，在梅县境地（原程乡县主要境域内）建立梅县人民政府委员会。
1949年5月17日，梅县解放，1949年5月24日，成立梅县人民民主政府，隶属潮梅人民行政委员会管辖。
1979年3月，原梅县所辖梅州镇由区级升格为县级称梅州市。
1983年6月，县级梅州市与梅县合并改为梅县市。
1988年1月，广东实行市管县体制，梅县地区改设地级梅州市，梅县市分为梅县和梅江区，属于梅州市管辖。
1999年9月28日，梅县人民政府由江南正式搬迁至程江镇新县城办公。
1999年11月15日经梅州市政府同意，梅县程江镇、扶大镇各割出一部分成立新城办事处，但未获省政府批准。2004年7月，梅县设立梅州高新技术产业开发区梅县（扶大）园区管理委员会，撤销扶大镇并入程江镇。
2012年9月，广东省政府正式批复同意梅县西阳镇划归梅江区管辖。2013年10月国务院同意梅州市梅县撤县设区，从此，梅县结束了县治，改设梅州市梅县区，成为梅州市辖区。
与梅江区同属梅州市区并称梅城。
