近年来，医药化工及保健品制造业迅猛发展，而在制药过程中会排放大量的有毒有害废水。制药废水除具有有机物浓度高、难于生物降解的基本特点外，还具有含盐量较高这一突出特点，从而使其处理难度加大。
制药废水因为其高浓度、有毒、有害、难生化降解的特点，在生化处理前必须进行必要的预处理，将废水中对活性污泥微生物有毒成分去除，并采取必要的方法提高废水的可降解性，使废水得到有效的处理。制药废水常用的处理方法大多为：物化法、化学法、生物法等。
制药废水种类繁多，属于高浓度有机废水，水中含有大量的高浓度、大分子，因此选择什么样的治理技术路线取决于废水的性质。制药废水普遍具有浓度高、色度深、可生化性较差的特点，一般都是通过预处理以提高废水的可生化性和初步去除污染物，再结合采用生化方法处理。虽然传统的处理方法很多，各有优缺点，但在实践中发现，单独使用任何一种方法处理制药废水，均不能使出水水质达到国家排放标准。因此探求高效、低耗、投资省且稳定达标的制药废水处理新技术已日趋重要。国内外许多学者致力于将环境工程技术与生物技术结合发展，以环境生物技术为新技术体系解决环境污染成为当今乃至未来发展的方向。生物酶技术的开发与应用是环境生物技术中重要的部分，为制药废水治理提供了新的技术手段。
生物酶催化降解污染物通过以下两种效应完成：
（1）接近定向效应—酶催化反应与酶的浓度成正比，酶具有使反应物集中的作用，即酶可以将反应物集中到分子周围，产生有效碰撞机会增多；
（2）形变效应—酶分子可以使反应物分子中化学键拉长、扭曲和变形，使他们更容易被水解。与其他微生物处理相比，生物酶处理法具有催化效能高、反应条件温和、对废水质量及设备情况要求较低，反应速度快，对温度、浓度和有毒物质适应范围广，可以重复使用等优点。
将生物酶催化技术应用于污染物的去除，是采用不同于普通微生物菌的系列生物酶结合技术，通过酶打开不同污染物质中的化学键，将其迅速降解为小分子，从大分子有机物降解为低分子有机物或CO2、H2O等无机物，降低COD值，从而达到去除污染物的目的，大大降低污水处理费用。生物酶催化技术与产品为具有脱色除臭，去除COD，脱氮除磷等多功能的环境友好型产品，能强烈地分解杂环类、苯环类等污染物，分解蛋白质和复杂多糖，对水溶性有机物分解也有重要的作用。生物酶通过催化降解作用将废水中大量如侧链脂、石油醚、丙酮、甲醇、乙醇、二氯甲烷、甲苯有毒有机物的复杂结构打开，使之开环断键，形成小分子物质，不仅能去除部分污染物，而且可以提高制药废水的可生化性。 。
在制药废水处理工艺中，投加专性生物酶，通过特殊生物酶的催化作用，增加废水的可生化性，出水可达到相应的排放标准，并且在运行过程中，降低了运行成本和工作强度，减少了对环境的污染。
