历史从铁路工程师修筑西伯利亚大铁路之时开始，建城日期在1893年4月30日，即鄂毕河大桥正式开工的日子。为建造跨越鄂毕河的大桥，新西伯利亚州所在地被开发，成为筑路工人聚居地并逐渐发展为城市。
1917年（十月革命）之前，新西伯利亚州是托木斯克省的一部分。
1921年，新西伯利亚州作为新尼古拉耶夫斯克州划出。
1937年9月28日，前苏联将西西伯利亚边疆区划分，新西伯利亚州正式成立。在1930-1937年，新西伯利亚市也是西西伯利亚边疆区的首府。
1943年，克麦罗沃州从新西伯利亚州划分出去，成立了新的克麦罗沃州。
1944年，托木斯克州从新西伯利亚州划分出去，成立了新的托木斯克州。
1991年12月，苏联解体，新西伯利亚州正式作为一级行政区加入俄罗斯联邦。
