清朝初设南木林宗。
民主改革前，由嘎厦政府和班禅堪布会议厅联合管辖。
1951年5月23日，《中央人民政府和西藏地方政府关于和平解放西藏办法的协议》在开京签定，宣告西藏和平解放。
1959年民主改革前，南木林是由西藏噶厦政府的4个宗和后藏班禅堪布会议厅的7个溪卡合并组成，分别由西藏噶厦政府、班禅堪布厅管辖。收税纳贡，派差服役，实行“政教合一”的封建农奴制度。
1960年1月25日，成立了南木林县人民政府，隶属日喀则地区。
2014年7月，日喀则撤地设市，南木林县属于日喀则市，县府驻南木林雪。
西藏自治区日喀则市南木林县的历史沿革
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吐蕃时期称扎西孜，后被称为湘巴（即后藏6个万户司之一）。
